6月3日午後、那覇空港で全日本空輸（ANA）の札幌行きNH1694便（ボーイング737-800型機）が離陸しようとした際、航空自衛隊那覇基地所属のヘリコプター「CH-47」が横切り、離陸を中止した。けが人はなかった。

　ANAによると、NH1694便の定刻は午後0時15分だったが、午前中の天候不良による遅延の影響を受け、午後1時7分に乗客77人（うち幼児1人）と乗員6人（パイロット2人、客室4人）を乗せて出発した。ところが、滑走路北側（滑走路18側）から離陸しようとした際、空自のヘリコプターが滑走路上空を横切ったため、離陸を中止し、滑走路上で急停止した。

　その後、同じ滑走路に日本トランスオーシャン航空（JTA）の石垣発那覇行きNU610便（ボーイング737-400型機、乗客乗員44人）が着陸。NU610便は定刻より6分早い午後1時29分に那覇へ到着したANA機は午後1時37分に那覇空港の駐機場へ戻り、乗客は羽田便などに乗り換えて目的地へ向かった。

　運輸安全委員会は、航空事故調査官3人を現地に派遣。自衛隊機とJTA機の状況や管制との交信などを詳しく調べる。