ＪＲ東日本は東京総合車両センター（東京都品川区）で、列車内における新型コロナウイルス感染症対策を公開した。同社は駅や車内などで感染防止対策を進めており、列車内では車内換気や定期的な清掃・消毒などを行っている。

首都圏の主要路線を走る列車の空調システムは２０２０年に改修し、外気を常に取り入れ、換気を促進している。通勤車両では、駅に停車するたびにドアが開くことで換気されているが、窓を開けることによって走行中も換気される。窓を５センチ―１０センチメートル開けて走行することで、車内の空気は６―８分程度で入れ替わるという。

車両基地などでは、つり革や手すりなど乗客の手が触れる部位に中性洗剤を染み込ませた布で拭き取って消毒する。市川東太郎副社長は「コロナの状況で密をなるべく避ける観点からも、オフピークに協力いただきたい」と述べた。